На счет зазоров. У меня они тоже есть, но это не страшно. Эти две палубы, как бы технологические, для придания жесткости корпусу.
По поводу несхождений отверстий для мачт, мачты имеют наклон по отношению к главной палубе. Это видно на картинке в шапке форума, как минимум.